Il Lapidario civico, fu istituito nel 1735 a Palazzo Paradiso sede dell’università per volontà del marchese Ercole Bevilacqua.
Nel portico e nel cortile di Palazzo Paradiso furono raccolte e collocate le epigrafi romane disperse nella città e nel territorio, con finalità scientifiche e didattiche di "recupero" delle antiche memorie civiche.
La raccolta in breve tempo aumentò in seguito a una campagna di distacchi delle epigrafi reimpiegate nelle chiese e nei monumenti della città e della provincia.
Il Lapidario ebbe la sua sistemazione scientifica nel 1872 ad opera di Teodoro Mommsen, che inserì le iscrizioni ferraresi nel V volume del
Corpus Inscriptionum Latinarum.
Nel 1898 il museo fu trasferito nell’attuale sede di Palazzo Schifanoia e il Lapidario rimase isolato, non più collegato come in origine alle altre raccolte archeologiche ed artistiche.
Agli inizi del Novecento, essendo troppo folto ed esposto, si ritenne opportuno dargli un’altra sede più idonea.
Nel 1929 il Lapidario venne diviso. Le sculture della Porta dei Mesi vennero destinate al museo del Duomo , di recente sistemazione, mentre il resto del materiale fu fatto trasferire da Nino Barbantini nel cortile del Palazzo dei Diamanti, oggi sede della Pinacoteca Nazionale e della civica galleria di Arte Antica.
Solo nel secondo dopoguerra fu possibile dare una sistemazione definitiva a tutto il materiale:
venne creato un Lapidario medievale a Casa Romei con il concorso della "Ferrariae Decus" e un Lapidario romano fu collocato sotto il portico di Palazzo dei Diamanti, dove è rimasto fino al 1981, quando i pezzi sono stati smurati per consentire il completo restauro in vista della nuova sistemazione nell’ex chiesa di S. Libera presso il Palazzo Schifanoia, sede del Museo Civico.