Il percorso di visita inizia nell’area un tempo occupata dal convento, integralmente ricostruita in occasione del Giubileo del 2000. Qui sono conservati i libri corali ed altre opere lapidee e grafiche.
Attraversando l’ala est del chiostro, si accede all’antica sacrestia, dove sono custoditi diversi paramenti sacri.
Si giunge infine all’interno dell’ex chiesa. Qui il visitatore può ammirare le opere più note del Museo, come le ante d’organo dipinte da Cosmè Tura, le formelle marmoree del cosiddetto “Maestro dei Mesi di Ferrara” e la
Madonna della melagrana scolpita da Jacopo della Quercia.